康熙皇帝渴望与俄罗斯签订和约，这确实是为了对付蒙古准噶尔部落头目噶尔丹发动的叛乱。
早在元朝灭亡后，成吉思汗的后代就退回塞外，驻扎在大沙漠南北，逐渐走出漠北蒙古、漠南蒙古和漠西蒙古。这些蒙古部落互相攻击，经常南下骚扰大陆。后来，努尔哈赤和皇太极用征伐、结婚、结盟的方式征服了漠南蒙古。清朝设立蒙古衙门(后改为理藩院)管理蒙古各部门，将漠南蒙古分为六盟、二十四部、四十九旗。就这样，漠南蒙古各部成了清朝当权人最可靠的盟友。漠北蒙古又称喀尔喀蒙古，继漠南蒙古之后，也与清朝建立了朝贡关系，每年向清朝贡献一头白骆驼，八匹白马，称为“九白贡”。
清朝入关后，仅依靠数十万满族人是无法维持对整个中国的统治的。为了弥补力量的不足，多尔根、顺治和康熙都将与蒙古各部合作作作为一项重要的国家政策。
但此时，居住在阿尔泰山以西的漠西蒙古拒绝合作。漠西蒙古，又称厄鲁特蒙古，分为四部分：杜尔伯特、土尔胡特、和硕特和准噶尔。其中，准噶尔部是最强大的。它合并了和硕特部和杜尔伯特部，将土尔胡特部排除在俄罗斯伏尔加河流域，并将和硕特部的人赶到青海和西藏。
准噶尔部控制了阿尔泰山周边地区，继续向东进军，希望占领漠北广大地区。喀尔喀各部挡不住准噶尔骑兵，只好跑到漠南，请康熙皇帝保护。康熙皇帝将科尔沁草原借给喀尔喀各部驻牧，救济了大量牲畜、茶叶和布料，并派人劝说准噶尔头目加尔丹返回阿尔泰山，返回喀尔喀故乡。加尔丹认为自己很强大，不仅没有关注康熙皇帝的命令，还带领10万士兵深入漠南蒙古乌珠穆沁草原，想与康熙皇帝竞争。
康熙皇帝在康熙二十九年(公元1699年)看到噶尔丹如此猖狂，威胁到了大陆的安全。○年)秋高气爽，草肥马壮的时候下令征讨。他亲自带兵驻扎在长城口外，任命哥哥裕王为将军，在离北京只有700英里的乌兰布通和准噶尔士兵之间进行决战。
噶尔丹没有正式与清军交锋，也不知道深度。他依山列为“骆驼城”，将1万头骆驼绑在脚上，让它们躺在地上，在骆驼背上搭起箱垛，盖上湿毡，然后让主力军藏在“骆驼城”里，从箱垛的缝隙射箭。清军隔河隐晦，先用大炮轰击“驼城”，杀死了许多骆驼、骑兵，步兵随后冲过来，击败了准噶尔军队。噶尔丹知道自己打不过清军，当晚就把军队撤到了高处。第二天一早，他派随军的西藏喇嘛到清营求和。
清朝将军立即派人向康熙皇帝报告战争情况，并派使臣到加尔丹营，让加尔丹向“威灵佛”发誓，以确保他不再攻击大陆。加尔丹迅速跪在使臣面前，在“威灵佛”面前磕头，看起来非常虔诚。大臣们看到了这种情况，放心地回去了。
康熙皇帝收到了卡尔丹乞求下降的报告，担心将军会被他愚弄，立即派人对将军说：“卡尔丹很狡猾，必须防范。”出乎意料的是，这个命令还没有实现，卡尔丹已经逃跑了。
噶尔丹离开了他的行李，带领军队奔跑。沿途，他放火烧毁了草原，想切断清军的粮食道路。无数士兵一路死亡和饥饿。当他们回到家乡时，只剩下数千人。
第二年5月，康熙皇帝亲自前往多伦（蒙古人民共和国首都乌兰巴托），召开蒙古国王公开会议，并在会议前举行了盛大的阅兵式。
阅兵当天一大早，八旗禁旅盔甲鲜明，矛锋利，在会场整齐地排队。过了一会儿，号角齐鸣，康熙皇帝身穿金甲，骑着俊马慢慢地走了过来。他还不到40岁，身材挺直，眼睛明亮，鼻子略呈鹰钩形，脸上有稀疏的麻子。一看，就能知道他性格刚毅，精力过人。康熙皇帝接受了诸王、大臣、王子和蒙古王子的崇拜，并带领他们检阅了蒙古骑兵。一路上，他用娴熟的蒙古语与蒙古王公亲切交谈。更令人惊叹的是，在蒙古王公的请求下，他当众连发十箭，九箭命中靶心。突然，观众的欢声雷动，所有人都在呼唤万岁。随后，康熙皇帝奖励了帮助追赶和压制加尔丹的蒙古王公，并秘密惩罚了那些秘密通风和报告加尔丹的人。蒙古王公见康熙皇帝不仅弓马娴熟，而且赏罚严明，对他心悦诚服。
康熙皇帝根据皇太极对漠南蒙古的编制，将漠北蒙古编成37旗。因为蒙古各部门都相信喇嘛教，他下令在多伦建立汇宗寺。为了纪念这次盛大的盟会，他还亲自写了汇宗寺的碑文，命令人们在汇宗寺建立。
虽然卡尔丹失败了，但他仍然没有放弃。五年后，他带领3万名骑兵入侵巴颜乌兰，并大肆掠夺。他还威胁要借6万名俄罗斯鸟枪兵来深入大陆。
康熙皇帝接到消息，决定第二次亲征。他命令东三省清军为东路，陕甘地区清军为西路。他带领中路军队从独石口进入沙漠。在沙漠中行军。粮草往往得不到帮助。康熙皇帝和官兵日夜吃干肉喝马奶。走了70多天，他们才听到卡尔丹屯住在克鲁伦河的消息。有些大臣怕苦怕累。当他们听说敌人还很远的时候，他们劝阻他们说:“道路迂回，粮食和食物还在继续。走了70多天，他们还没有见到敌人。皇帝最好暂时回去开车！康熙皇帝非常生气，斩钉截铁地说：“我已经告祭了天地宗庙。现在没有敌人就回去了。面对世界人民还有什么？他立即下令开拔，直奔克鲁伦河。到达克鲁伦河后，康熙皇帝命令从征王子和诸将前来讨论，而不是扎下营寨。他坐在地上，拿出自己画的阵势图，详细部署了作战策略。然后派使臣渡河到加尔丹大营，约他明天决战。
根本不相信康熙皇帝会亲征到这里，他大笑着说：“怎么会这么容易来！然而，当他登上克鲁伦河边的北孟纳兰山时，他看到了河南岸清营黄战龙的标准，非常鲜明，士兵们聚集在一起，漫无边际。他吓得六神无主，不禁自言自语：“怎么会这么容易来！怎么会这么容易来呢？然后跌跌撞撞地回到军营，闷头不语。那天晚上，他离开了营帐的行李，带领部众向西逃跑。
第二天早上，清军来决战，看到卡尔丹的营地空无一人。康熙皇帝立即带领骑兵轻装追赶。一路上，卡尔丹部队遗弃的财产、牲畜、行动不便的老人和儿童随处可见。清军追了三天，没能赶上，只好停止追赶。康熙皇帝估计卡尔丹很快就会遇到西路军队，所以他派人通知西路军队迅速阻止敌人。